Если я правильно понял, то Вам нужно это:
var i = 0, timeout;
function func1(){
x = Number(document.form1.inp1.value);
if(document.bgColor=="yellow") document.bgColor="white";
else document.bgColor="yellow";
timeout = setTimeout(func1, 2000);
i++;
if (Number(i)==Number(x)) clearTimeout(timeout);
}
Упрощённый вариант:
var i = 0, timeout;
function func1() {
document.bgColor = document.bgColor == 'yellow' ? '#000' : 'yellow';
timeout = setTimeout(func1, 2000);
if (++i == document.form1.inp1.value) clearTimeout(timeout);
}
Правильный вариант:
function func1() {
var i = 0, int, m, n = document.form1.inp1;
int = setInterval(function() {
document.body.bgColor = (m ^= 1) ? 'yellow' : '#000';
if(++i == n.value) clearInterval(int);
}, 2000);
}