Что-то я не до конца понял, чего вы хотите. Но команды отделяются символом ";". Так что можно попробовать разбить строку с командами на массив
var jsScript = 'var text = "hello world"; alert(text);';
var x = jsScript.split(';');
И теперь уже легче намного манипулировать ими. Перебирать циклами.
К примеру в данном случае:
x[0] // выведет var text = "hello world"
x[1] // выведет alert(text)
Ну а дальше можно их проверять, удалять. Можно добавлять, перемещать и все, что хотите. Без RegExp.