Все. Нашел решение. Может есть другое решение, но пока обойдусь этим:
$('#form_write input').click(function(){
var container = $('#form_write .scroll'); // блок с overflow-y: scroll;
var scrollTo = $(this); // получаем активный input
container.scrollTop( scrollTo.offset().top - container.offset().top + container.scrollTop() - 10 ); // делаем скрол в input с отступом 10px
return false;
});