Сам цикл while не предусматривает коммуникации между браузером и пользователем. Пока он выполняется, никакие события не сработают. Интерпретатор подхватит их только после окончания работы while.

Если у вас длинный цикл, то можно делать, скажем, по 1000 итераций за раз, и следующий запуск - через setTimeout. В таком случае между пачками итераций скрипт сможет обработать нажатие кнопки и отменить следующий запуск.

сам нашел ответ в разделе операторы присваивания http://javascript.ru/assignment-operators

"x+=n" равносилен выражению x=x+n;

А что бы Вы хотели, чтобы эта часть кода конкретно делала. Опишите, пожалуйста своими словами, уверен смогу предложить альтернативу.

//Исходное число
var newNum = 12345622245632,
//преобразуем число в строку
stringNum = '' + newNum,
//последний символ нашей строки
lastChar = stringNum.charAt(stringNum.length - 1),
//счетчик для цикла
i = 0,
//количество совпадений
numOfMathches = 0;

//пока это не последний символ строки
while(i != stringNum.length){
//если символ подномером i равен последнему символу...
if(stringNum.charAt(i) == lastChar){
//...то увеличим число совпадений на еденицу
numOfMathches++;
}
//увеличиваем на еденицу счетчик
i++;
}

//По окончании цикла выводим результат в консоль
console.log(numOfMathches);

Пожалуйста))

while (new Date().getSeconds()<60) {alert("test")}

Я бы сделал так:

function testalert()
{
intervalone = setInterval(function()
{
alert('test');
}, 1000);
setTimeout(function()
{
clearInterval(intervalone);
}, 60000);
}

while (!skip) {} - это бесконечный цикл, вот он и вешает процесс. А setTimeout даже не начинает свою работу, код который вы написали будет выполняется последовательно, и после того как выполниться последняя инструкция, а она у вас бесконечный цикл, то только после неё запустится таймер. А так вы дали только задание браузеру, чтобы то запустил через миллисекунду функцию, но не даете ему сделать запуск таймера возможным!