Володя Шишкин,
скрипт надо применять к элементам когда они уже есть на странице
добавьте
window.onload
window.onload = function() {
var elements = getElementsByClass('body');
for (var i=0; i<elements.length; i++) {
elements[i].className = elements[i].className.replace('body', 'pBody')
}
}