Самое очевидное - генерировать случайны хеш и отправлять его аяксом на сервер. Правда это пользователь может или отрубить или подделать.
Еще на флеше можно куки писать, тогда в принципе можно отследить сколько копий открыто на одном компьютере в разных браузерах.
