В таком случае рекомендую открыть тему с багрепортом в официальном форуме Cmd. Не знаю, Java это чудит или ещё что, но Cmd должно быть всё равно, какой тип файлов/директорий ей подсовывают.
Если уж так сильно надо, то можно виртуалку использовать. Я так и делаю много лет уже. А обратно на винду в качестве основной системы, брр... Нет уж, хватит с меня пятнадцати лет мучений. :)