Ahsar,
 документацию на slideToggle([duration],[callback]):прочтите callback — функция, заданная в качестве обработчика завершения анимации (появления или скрытия). 
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
  <script src="http://code.jquery.com/jquery-1.4.4.js"></script>
  <style type="text/css">
 .shadow {
    background: #fc0; /* Цвет фона */
    -moz-box-shadow: 0 0 10px rgba(0,0,0,0.5); /* Для Firefox */
    -webkit-box-shadow: 0 0 10px rgba(0,0,0,0.5); /* Для Safari и Chrome */
    box-shadow: 0 0 10px rgba(0,0,0,0.5); /* Параметры тени */
    padding: 10px;
   }
  </style>
</head>
<body>
  <div class="new_department">
		<div class="header">2 новых отделения</div>
		<div class="content"><h3>ст. Шелковская</h3><p>Операционный офис</p><p>ул. Советская, 50</p></div>
</div>
<script>
$(document).ready(function () {
    $(".content").hide();
    var n = 1;
    $(".header").click(function () {
        if (n) $(this).parent().toggleClass('shadow');
        $(this).next().slideToggle(500, function () {
            if (!n) $(this).parent().toggleClass('shadow');
            n ^= 1
        });
    });
});</script>
</body>
</html>