Ahsar,
документацию на slideToggle([duration],[callback]):прочтите callback — функция, заданная в качестве обработчика завершения анимации (появления или скрытия).
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<script src="http://code.jquery.com/jquery-1.4.4.js"></script>
<style type="text/css">
.shadow {
background: #fc0; /* Цвет фона */
-moz-box-shadow: 0 0 10px rgba(0,0,0,0.5); /* Для Firefox */
-webkit-box-shadow: 0 0 10px rgba(0,0,0,0.5); /* Для Safari и Chrome */
box-shadow: 0 0 10px rgba(0,0,0,0.5); /* Параметры тени */
padding: 10px;
}
</style>
</head>
<body>
<div class="new_department">
<div class="header">2 новых отделения</div>
<div class="content"><h3>ст. Шелковская</h3><p>Операционный офис</p><p>ул. Советская, 50</p></div>
</div>
<script>
$(document).ready(function () {
$(".content").hide();
var n = 1;
$(".header").click(function () {
if (n) $(this).parent().toggleClass('shadow');
$(this).next().slideToggle(500, function () {
if (!n) $(this).parent().toggleClass('shadow');
n ^= 1
});
});
});</script>
</body>
</html>