Решил вопрос через api, которое возвращает паренты.
var apiQuery = {};
apiQuery.contentType = "city";
apiQuery.query = $city.val();
apiQuery.limit = 1;
apiQuery.withParent = 1;
$.getJSON($.kladr.url + "?callback=?",
apiQuery,
function(data) {
$region.kladr('controller').setValueById(data.result[0]["parents"][0]["id"]);
if(data.result[0]["parents"].length > 1)
$district.kladr('controller').setValueById(data.result[0]["parents"][1]["id"]);
}
);