Решил вопрос через api, которое возвращает паренты.
var apiQuery = {};
            apiQuery.contentType = "city";
            apiQuery.query = $city.val();
            apiQuery.limit = 1;
            apiQuery.withParent = 1;
                $.getJSON($.kladr.url + "?callback=?",
                apiQuery,
                function(data) {
                    $region.kladr('controller').setValueById(data.result[0]["parents"][0]["id"]);
                    if(data.result[0]["parents"].length > 1)
                        $district.kladr('controller').setValueById(data.result[0]["parents"][1]["id"]);
                }
            );