Добавил onLoad... Ситуации это не изменило...
С Alert - работает.
onLoad = get_vars();
function get_vars () {
	for (var i = 0; i <= planet.length; i++) {
		planet_id[i] = planet[i].innerHTML.split('moonlink')[0].slice(planet[i].innerHTML.split('moonlink')[0].indexOf('&cp=')+8, planet[i].innerHTML.split('moonlink')[0].indexOf('" title'));
		planet_pics[i] = planet[i].getElementsByClassName('planetlink')[0].getElementsByClassName('planetPic')[0].src;
		planet_name[i] = planet[i].getElementsByClassName('planetlink')[0].getElementsByClassName('planet-name')[0].innerHTML;
		planet_coords[i] = planet[i].getElementsByClassName('planetlink')[0].getElementsByClassName('planet-koords')[0].innerHTML;
		if (planet[i].innerHTML.indexOf('src="img/planets/moon/') > 0) {
			moon_id[i] = planet[i].innerHTML.split('moonlink')[1].slice(planet[i].innerHTML.split('moonlink')[1].indexOf('&cp=')+8, planet[i].innerHTML.split('moonlink')[1].indexOf('" title'));
		}
		alert(moon_id[3]);
	}
}
Без Alert - не работает.
onLoad = get_vars();
function get_vars () {
	for (var i = 0; i <= planet.length; i++) {
		planet_id[i] = planet[i].innerHTML.split('moonlink')[0].slice(planet[i].innerHTML.split('moonlink')[0].indexOf('&cp=')+8, planet[i].innerHTML.split('moonlink')[0].indexOf('" title'));
		planet_pics[i] = planet[i].getElementsByClassName('planetlink')[0].getElementsByClassName('planetPic')[0].src;
		planet_name[i] = planet[i].getElementsByClassName('planetlink')[0].getElementsByClassName('planet-name')[0].innerHTML;
		planet_coords[i] = planet[i].getElementsByClassName('planetlink')[0].getElementsByClassName('planet-koords')[0].innerHTML;
		if (planet[i].innerHTML.indexOf('src="img/planets/moon/') > 0) {
			moon_id[i] = planet[i].innerHTML.split('moonlink')[1].slice(planet[i].innerHTML.split('moonlink')[1].indexOf('&cp=')+8, planet[i].innerHTML.split('moonlink')[1].indexOf('" title'));
		}
	}
}
Не могли-бы вы посоветовать что-то более конкретное?
т.к. насколько мне известно GreaseMonkey подгружает скрипт после загрузки страницы, хотя возможно я не прав.