dadli, ну про jquery не знаю, но могу предложить вариант без него
<html>
<head>
<meta charset='utf-8'>
<style>
body{
height:1000px;
}
</style>
</head>
<body>
<script>
document.ok = true;
function schet(arg){
i += arg;
k = i;
if(document.ok == true) setTimeout('prov(k)', 600);//установите время проверки как вам надо
document.ok = false;
}
function prov(arg){
if(arg == i){alert('Скролл остановлен.')}
document.ok = true
}
i = 0;
window.onscroll = function(){schet(1)}
</script>
</body>
</html>