Если я правильно вас понял, то:
function replaceColors()
{
var baseThemeColors=['ffffff','000000','eeece1','1f497d','4f81bd','c0504d','9bbb59','8064a2','4bacc6','f79646'];
var nameColors = ['Белый','Черный','Бежевый','Синий','Голубой','Красный','Зеленый','Фиолетовый','Бирюзовый','Оранжевый'];
var i = 0;
while(i < nameColors.length)
{
baseThemeColors[i] = nameColors[i];
i++;
}
alert(baseThemeColors);
};
replaceColors();