mitiya,
берёте индекс в одном месте, а ищите в другом?
var txt = $('#text'), divs = $("div", txt);
divs.click(function(){
$(this).css('background', 'red');
var x = divs.index(this);
alert(x);
});
$('html, body').animate({
scrollTop: divs.eq(101).offset().top
}, 200);