Тогда откатите на оригинал и попробуйте заменить только строки 36 и 37:
var shownMin = minutes;
var shownSec = seconds;
на следующий код:
var shownMin = Math.floor((end-diff)/1000/60);
var shownSec = Math.floor((end-diff)/1000);
Просто в одном месте "поменять + на -" не получится, так как там вся логика строится на этом. Поэтому, логика оставляется та же, изменяются лишь выходные данные.
Можете выложить архив, если решение выше не сработает. Посмотрю в свободное время.