рони, Так нельзя
new Array(Width).fill({Value: 0 })
Вот что получится
Один раз создастся объект {Value: 0 } и все элементы массива заполнятся ссылками на него, на единственный объект.
Надо
Array.from({length:Width}, () => {Value:0})
function CreateMatrix2D(Width, Height) {
	return  Array.from({length:Height},
			() => Array.from ({length: Width}, 
				() => {Value: 0}
			)
		)
}
console.log(CreateMatrix2D(2, 3))