Разобрался.
В jade/pug важны отступы. У меня код был в начале строки на самом деле. Так нельзя. Нужно обязательно с таким же отступом как тег li:
ul.nav.navbar-nav
li
a(href='/') Home
- if(!user) {
li
a(href='/login') Login
- }
- else {
li
a(href='/logout') Logout
-}
Скобки тоже важны. Иначе в else попадет все что после него.
PS: Что-то первая строка в коде показывается на форуме не с тем отступом что у меня.