Глобальные переменные зло, от лукавого они во искушение нам посланы, дабы умы неокрепшие с пути истинного совращать
А если серьезно, то это емнип не проблема... ну что мешает изменить нейм переменной? Вот сделана же в jQuery, к примеру, возможность сделать так:
var dom = {};
dom.query = jQuery.noConflict(true);
И теперь у нас $ свободен