Никак, это недописанная серия.

Получается что при модификаторе:

my-app-panel_modifier

my-app-panel__some-element_modifier

...

my-app-panel__some-element__some-element1__some-element2_modifier

?

Такая вложенность не нужна, так что такого не будет.

У меня подобное было, поэтому и отказался

Ну рассказывай тогда, как такое могло получиться :) И в пользу чего отказался.

ну, дык в сторону каскадов и отказался, но скорость да падает сильно.

А получилось такое как?

Не понимаю вопроса. Класс элемента отражает положение элемента в ветке дерева. По моему это и так ясно: my-app-panel__some-element__some-element1__some-element2. Или что имеется в виду?

Нет, это лишнее. Весь путь к элементу указывать ни к чему. А если он переместится, класс менять? Достаточно просто соблюдать уникальность внутри одного блока, не волнуясь, что будет пересечение с другими блоками.

Допустим у нас есть:

<div class="my-app-panel">
   <div class="my-app-panel__magazin-element">
      <div>
         <div>
            <div class="что пишем сюда?"></div> //magazin-element__inner-div
         <div>
      </div>
   </div>
</div>

или лучше комбинировать с каскадами или у всех div должны быть class?