Ну так и вставьте код из JSFile.js в блок
<script id="cocos2d-html5">
//тут код
</script>
и вставьте этот блок в конец body перед закрывающим тегом. Думаю вот эту строку:
document.ccConfig = c;
надо будет поместить после этого кода:
var c = {
menuType:'canvas',
loadExtension:true,
tag:'gameCanvas',
SingleEngineFile:'JSFile.js',
};
document.ccConfig = c;
Ну а из head убрать эту часть:
window.addEventListener('DOMContentLoaded', function () {
var s = d.createElement('script');
s.src = c.SingleEngineFile;
document.ccConfig = c;
s.id = 'cocos2d-html5';
d.body.appendChild(s);
});
Но я никогда с этим кокосом дел не имел, поэтому не ручаюсь что оно корректно так заработает.