Вообще и на форуме и в статьях и в Интернете много информации по кроссбраузерной выборке элементов. JQuery опять же.
И, даже не читая, как минимум, костыль одноразовый можно написать. Вот такой, например.
function getAllInputsFromAllDivs(){
  var x, y, inputs, result = [], divs = document.getElementsByTagName("div");
  for (x = 0; x < divs.length; x++) {
    inputs = divs[x].getElementsByTagName("input");
    for (y = 0; y < inputs.length; y++) {
      result.push(inputs[y]);
    }
  }
  return result
}
Как его 
прикостылить.