В чём разница: двумерный массив, как частный случай многомерного, это матрица MxN, т.е., грубо говоря, таблица, из M строк и N столбцов. В каждой строке у неё одинаковое количество элементов, равно как и в каждом столбце. В JavaScript иначе, тут в массиве верхнего уровня лежат ссылки на другие произвольные массивы. Они могут быть одинакового размера, могут быть разного, а могут быть вообще не массивами.
