У меня аналогичная проблема. Аяксом получаю с сервера XML, в котором есть как бы HTML-разметка, которую нужно перенести на страницу. Например:
<answer>
Ответ на вопрос смотрите <a href="">тут<a>
</answer>
Делаю cloneNode(true), все вставляется, но ссылки не работают, хотя в исходном коде они есть.
Возможно, есть какое-то решение проблемы?