У меня происходит рекурсия, поэттому сдесь setTimeout нужно
Change();
function Change() {
if (viiti == 1){
return ;
}
else {
var cc = CLR.shift();
CLR.push(cc);
var tt = TMR.shift();
TMR.push(tt);
d.style.backgroundColor = (cc.charAt(0) == 1) ? '#FF0000' : '';
d1.style.backgroundColor = (cc.charAt(1) == 1) ? '#FFFF00' : '';
d2.style.backgroundColor = (cc.charAt(2) == 1) ? '#00FF00' : '';
setTimeout(Change, tt * 500);
}
}