Spket IDE - лучшее из всего, с чем работал
тут видео с демонстрацией возможностей(на русском, Сергей Чикуёнок, 2008 г.)
Офф. сайт
ОЧЕНЬ хорошо поддерживает JSDoc.
Работает с популярными фреймворками:
* jQuery
* ExtJS / YUI
* Prototype
* AIR
* MooTools
Также позволяет добавлять свои (произвольные).
Существует в виде плагина для Eclipse (работает хорошо) или в виде standalone-приложения (у меня глючит).
Для некоммерческого использования бесплатен. (Хотя и так не ругается)
P.S. До него пользовался phpStorm и Aptana