Надо создать событие перезапуска всего скрипта при изменении размера окна, что бы скрипт пересчитал положение элементов.
Пример
http://trei002.jcase.ru/
При загрузке страницы я сразу выполняю расчет уезжает ли подменю в край или нет и по какому краю его равнять? а при изменении размеров дива - контейнера подменю произвожу перерасчет
(на примере mootools)
$('submenu').addEvent ('resize', function() {
(MenuFunc).delay(500);
});