Спасибо, заработал вариант
<input name="apply_compare" value="Сравнить" type="button" onclick="window.open('{/shop/path}compare_items/');" />
Там проблема была в том, что была строка с передачей данных устаревшая
$compare_items = $shop->GetCookie('SHOPCOMPARE');
поменяли на
$compare_items = @unserialize($shop->GetCookie('SHOPCOMPARE'));
и заработало.
{/shop/path} - это тег, подстановки адреса страницы в Host.CMS/
Теперь вот хотел поменять на
<input name="apply_compare" value="Сравнить" type="button" onclick="window.open('{/shop/path}compare_items/'),'top=15, left=20, menubar=0, toolbar=0, location=0, directories=0, status=0, scrollbars=1, resizable=1, width=800, height=600';" />
что-бы определенного размера, и с отключенными некоторыми функциями, тоже не хочет.
Все это кстати вставляется в шаблон .xsl, может из-за этого?