В основном со слов других людей, сам я силверлайт мало смотрел:
Силверлайт больше ориентирован на программистов, флеш на дизайнеров. В сильверлайте довольно удачно реализован паттерн MVVM (собственно в нем он и родился). Есть библиотека для применения паттерна в js:
http://knockoutjs.com/. Я сам пока не пробовал, но даже в теории очень многообещающая штука.