console.log(Object.toString === Object.prototype.toString);//false
console.log(Object.toString === Function.prototype.toString);//true
console.log(Object.toString === Function.toString);//true
Object - функция-конструктор объектов типа Object
Поэтому ее toString берется из ее прототипа, который общий для всех функций, а не из прототипа объектов.